消化三科是以诊治消化道肿瘤、胃肠疾病、肛门疾病及腹部外科疑难复杂疾病、高难度手术为重点，并以世界最先进的微创腹腔镜手术为特色的外科学科，与国际最著名的消化疾病诊疗中心（Mayo Clinic, John. Hopkins）有着良好的沟通和学术往来。
    消化道肿瘤治疗，以国际诊疗标准为基础，进行完善的术前评估，针对不同期消化道肿瘤，制定并实施科学的治疗方案及手术方法；晚期或不能切除的消化道肿瘤，实施多学科联合的综合治疗使肿瘤侵犯范围缩小，最后达到手术根治，提高患者五年生存率；具有完善的术后随访机制，及早发现胃肠道肿瘤术后复发的患者，通过先进有效的药物及放射治疗，凭借再次手术或转移病灶的切除，最终可使部分患者获得治愈，长期生存。
    普通外科及消化道肿瘤富于人性化的微创腹腔镜手术，因其创伤小、恢复快、良好的美容效果，目前已成为欧美发达国家的主流发展方向，其手术的安全性及肿瘤切除的彻底性已得到世界的公认。本学科自2005年以来长期坚持消化道肿瘤及普通外科微创腹腔镜手术的发展方向，成功实施消化道肿瘤腹腔镜手术约400例，取得了良好的治疗效果。消化三科目前常规实施的腹腔镜手术有：胃癌腹腔镜根治术，结、直肠癌腹腔镜根治术，胰腺癌腹腔镜根治术，腹腔镜全结肠切除术，腹腔镜探查活检术，腹腔镜胆囊、阑尾切除、疝修补、脾切除，腹腔镜门脉高压断流术等，并大力开展腹腔镜、内镜联合双镜手术，取得良好的效果。
    此外，内外科结合的炎症性肠病（溃疡性结肠炎和克罗恩病）治疗达到国内领先水平，代表当前国际水平的功能性便秘和肛门疾病的临床及研究工作正在稳步发展之中。